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　　小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事

　　想いを背負い、新たな、そして未来への戦いへ。　　汎銀河統一帝国を名乗る謎の勢力“ウルガル”の襲撃を受け、存亡の危機に陥った地球。　　遺伝子操作によって戦うために生まれた子どもたち、イズル、アサギ、

讲述TV动画《炎之刻印》4年后发生的故事。